Mis sur pied en 1972 par des citoyens et citoyennes du Plateau Mont-Royal, l'organisme a d'abord fondé un journal de quartier L'INTER suivi par LES SENTIERS D'ENTRAIDE, projet de dépannage à domicile, et par le Café-Rencontre IDEFIX, lieu des premières interventions (cours, sessions d'informations, réunions ...).

En novembre 1973, l'organisme devient officiellement une corporation qui porte le nom de Ateliers d'Éducation Populaire de Mercier car son territoire est le même que celui du comté provincial de Mercier. Au cours des années, les Ateliers ont toujours cherché à répondre aux besoins de la population en s'adaptant aux transformations du Plateau et aux nouvelles réalités sociales.

L'organisme est actuellement financé en grande partie par le Ministère de l'Éducation, du Loisir et du Sport, Centraide et la Comission scolaire de Montréal. Une autre partie de son financement provient de ses revenus d'opérations. La situation financière est donc toujours précaire surtout suite aux coupures (65%) de la commission scolaire de 1995 à 1997.

En 2002, le nom est modifié pour : Ateliers d'éducation populaire du Plateau (AEPP) car il y avait trop souvent confusion avec le comté fédéral Mercier à l'Est de Montréal.

En 2003, les AEPP fêtent leur 30e anniversaire. Tout au long de l'année, l'anniversaire est souligné de différentes manières mais trois événements méritent d'être notés : une exposition de photos évoquant l'histoire des AEPP depuis les débuts (et qui nous a permis de rejoindre d'anciens membres (premier coordonnateur, membres du premier CA…), la Fête annuelle et un documentaire retraçant l'histoire des AEPP à travers les personnes qui l'ont vécue.

Comme la situation financière devient de plus en plus difficile, les Ateliers doivent opérer une restructuration organisationnelle : abolition du volet Bénévolat, fusion des volets Formation et Milieu de vie, abolition du Vest'hier et embauche de personnel stable et récurrent à l'accueil.

Cependant, en plus de la restructuration, les AEPP ont à absorber un choc terrible : la reprise de 2 étages par la CSDM pour y loger un centre de francisation. Cette reprise aura au moins permis de ressouder les liens entre les 6 centres qui se sont relayés pour faire de la résistance : piquetage, activités.

En juillet 2005, une lettre de la CSDM obligeait les AEP à céder les 2 étages sous peine d'expulsion. À la fin de l'été, les AEP ont dû se "tasser". Compte tenu de cette nouvelle situation, il a fallu restructurer à nouveau Nous avons, entre autres, abolit le poste d'adjoint-e à l'administration, remplacé par un poste contractuel pour la tenue de livres, mis sur pied d'un nouveau volet, Services, qui rassemble plusieurs tâches dont le bénévolat et l'accueil et diminué d'heures de la personne responsable à la sécurité et à l'entretien. Il n'y a maintenant que 4 employé-es permanent-es à temps plein, incluant la direction générale.